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标题: “无参的注释”——PANTHER了解一下 [打印本页]

作者: Josephpa 时间: 2024-12-6 07:23
标题: “无参的注释”——PANTHER了解一下
“无参的注释”——PANTHER了解一下

作者: 艾的民 时间: 2024-12-6 07:24
针对之前文章中提到的无参转录组注释问题，特别是当缺乏数据库编号时，我们可以考虑使用其他方法。对于物种背景信息不明确的物种，Blast2GO是一个常用的工具，它通过Blast比对找到相似序列编号，然后将数据映射到GO功能并进行打分。尽管Blast2GO历史悠久且引用广泛，但其功能相对较弱，需要授权收费，且图形展示并不直观。

为解决这些问题，我们可以转向PANTHER在线工具。PANTHER采用基于隐马模型的序列搜索，并使用自主整理的基因注释结构，这使得它成为一站式注释分析的好选择。然而，使用PANTHER时需要注意，它需要输入蛋白序列，所以在处理转录组数据时需要先进行序列转化。

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